不能确权的宅基地的处理方式是退出补偿、拆除处理、缴纳税费或者可以退还给村集体等。没有建筑物的宅基地并不影响土地确权，如果宅基地产生***，当事人可以申请确权处理。
一、
不能确权的宅基地怎么办
不能确权的宅基地的处理方式如下：
1.退出补偿：对于合法的一户多宅情况，国家出台了相关政策，在农民自愿的情况下可以选择退出多余的宅基地，而且还能够获得国家的补偿。
2.拆除处理：如果建了新房，但是没有将以前的老房子给拆除的、以强制或是欺骗手段占有宅基地建房的、依法继承但是在后期却并未经批准新建或是改建的这些房子都会被进行拆除处理。但在拆除的时候是有一定的补偿。
3.缴纳税费：目前部分地区已经试行了宅基地有偿使用制度，如果一户多宅的农户不想拆除多余的房屋，可以通过缴纳一定的税费进行有偿使用。
4.退还给村集体：也可以主动将超出的宅基地面积退还给本村集体或者是将多出来的宅基地再转让给同一村集体组织的成员们。
二、
没有建筑物的宅基地确权吗
宅基地上没有建筑物的，不影响宅基地的确权。宅基地使用权产生***的，利害关系人可以申请确权。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国民法典》第二百三十三条【物权***解决方式】物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
第二百三十四条【物权确认请求权】因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
第三百六十二条【宅基地使用权的定义】宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。
三、
集体土地住宅确权三要素是什么
1.申请房屋确权人必须是集体成员且必须要是房屋的所有权人；
2.申请房屋确权人有正规合法的身份证、户口本等，黑户不行；
3.房屋有用地有规划批准文件、房屋竣工验收合格证明或房屋赠与、继承、转移、担保合同书或批准文件等。