公司撤资退股清算的程序是首先调查公司的财产状况、而后制定清算方案以及方案需要经过股东会议的确认等。需要注意的是，股东撤资不需要缴纳个人所得税。
一、
公司撤资退股怎么清算
公司撤资退股如下清算：
1.根据《公司法》规定：股东不可以进行直接的撤资，如果股东想要退股的话，需要通过股权转让、公司的减资或者公司的清算的方式来进行。如果公司需要清算的话，首先需要调查公司的财产状况然后进行清理。清算组需要根据债权人的申报以及调查清理公司财产的情况来作为编制公司资产负债表、财产清单以及债权、债务目录的依据。
2.制订清算的方案：编制完成公司财务的会计报告之后，清算组应该制订相应的清算方案，对债权和清偿债务的收取做出具体的安排。
3.公司的清算方案需要经过股东会议的确认或者相关部门的批准，股份制的公司需要向股东大会提交清算的方案，股东大会通过;有限责任公司应该交给股东会通过。因为违法而破产或者是解散的公司进行财产清算，其清算的方案需要经过其主管机关的确认。
4.清算组在制作清算的财务报表时如果发现存在尚未偿还的债务，并且公司没有能力来偿还这笔债务，清算组应该立刻向当地管辖的人民法院申请宣告破产。
二、
股东撤资要交税吗
找法网提醒您，股东撤资是不需要缴纳税费的。
法律依据：《个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)经营所得;
(六)利息、股息、红利所得;
(七)财产租赁所得;
(八)财产转让所得;
(九)偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得(以下称综合所得)，按纳税年度合并计算个人所得税;非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
三、
公司撤资退股需要多久
公司退出公司经营，俗称“退股”，但从其操作手法并非公司意义上的退股减少注册资本，其实质上股东之间的股权转让。公司的股权转让最低也需要半年左右的时间才能完成，作为公司的股东，不能随随便便的就把自己的股权转让给其他人，转让股权之前要做的准备工作还非常的多，比如说要先召开股东大会，然后才能办理股权转让的手续，股权发生转让之后，公司其他的一系列重要证件都要变更。