检察院批捕后，都是由公安机关进行侦查。法律赋予人民法院对于证据不足的自诉案件移送公安机关侦查的同时，并未要求移送前征得自诉人同意。审判实践中，出现了不少自诉人不愿法院将自诉案件移送公安机关的情况。对此，有的法院事前并未征求自诉人的意见，依职权直接移送公安机关侦查。
一、犯罪嫌疑人被批捕后谁侦查
检察院批捕后，都是由公安机关进行侦查。法律赋予人民法院对于证据不足的自诉案件移送公安机关侦查的同时，并未要求移送前征得自诉人同意。审判实践中，出现了不少自诉人不愿法院将自诉案件移送公安机关的情况。对此，有的法院事前并未征求自诉人的意见，依职权直接移送公安机关侦查。
修订后的《刑事诉讼法》第一百七十条规定了三类自诉案件，扩大了自诉案件的受理范围，导致公诉与自诉之间关系趋于复杂化。第一类自诉案件系“告诉才处理的案件”，顾名思义，“不告不理”，属于“亲告罪”的范畴。在这类案件中，只存在自诉权，而不存在公诉权。公诉权与自诉权呈现分立关系，公诉权对此类案件不得加以干预，因而对于此类案件也就不存在移送公安机关侦查的问题。第三类自诉案件系“被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身财产权利应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。”，即通常所说的“公诉转自诉”案件，从条文本义出发，公安机关或者检察机关已经主动放弃对被告人刑事责任的追究权力，为了避免被害人的合法权益保护落空，才设立该条款，以达自诉补救的目的，显然，此类案件已无必要移送公安机关再行侦查。
第二类自诉案件系“被害人有证据证明的轻微刑事案件”。此类案件的构成需要同时具备两个条件：其一，被害人有证据证明;其二，案件轻微。被害人虽有证据证明，但案件本身不属于轻微的刑事案件，或者虽属于轻微的刑事案件，但被害人没有证据证明，均不符合此类自诉案件的受理条件。对于此类案件，被害人向法院提起自诉后，如果发现证据不足或者没有证明，就需要国家公权力的积极介入。一方面，法律对此类案件赋予被害人自诉权的同时并没有排斥公诉权的积极干预，自诉权与公诉权彼此独立，同时并存;另一方面，作为法律赋予行使法定侦查职权的公安机关负有打击犯罪保护公民的义务，对于被害人自身权益受到侵害，但自身又提供不出证据或举证不足无法让法院支持其诉讼请求的情况下，由于法院作为国家的审判机关并不享有侦查权，此时公安机关的及时介入不仅应当而且必要。
通过上述分析，人民法院可以移送公安机关侦查的自诉案件范围仅限于第二类自诉案件。
二、移送侦查的法律依据
“六部委”《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第四条 列举了八项由人民法院直接受理的“被害人有证据证明的轻微刑事案件” 。该条同时规定： “上述所列八项案件中，被害人直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理，对于其中证据不足、可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查。被害人向公安机关控告的，公安机关应当受理。”
《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》(下文简称“司法解释”)第一条第(二)项列举了和上述规定相同的八种“人民检察院没有提起公诉，被害人有证据证明的轻微刑事案件”。 该条同样规定， “对上列八项案件，被害人直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理。对于其中证据不足、可由公安机关受理的，或者认为对被告人可能判处三年有期徒刑以上刑罚的，应当移送公安机关立案侦查。”
公安部《公安机关办理刑事案件程序规定》 第十四条规定：“对人民法院直接受理的被害人有证据证明的刑事案件，因证据不足驳回自诉，可以由公安机关受理并移交的，公安机关应当受理。”
从上述几个具体条文规定可以看出，我国对于第二类自诉案件采取的态度是“自诉优先，公诉干预”的原则。
综上所述，公安机关对犯罪嫌疑人进行立案侦查，如果搜集到充分证据的，那么会将案件移交到检察院进行起诉，检察院会根据所有的证据确定是否批准逮捕，如果在证据确定的情况下那么由公安机关执行批捕，同时进行起诉。