处理土地确权纠纷的方法是由当事人进行协商处理，协商不成的，可以请求人民政府进行调解，若当事人对政府调解结果不满意的可以向人民法院提起诉讼。确权后的土地是可以进行建房的。
一、
如何处理土地确权纠纷
土地确权产生纠纷的，按以下方式处理：
1.由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
2.当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
《中华人民共和国土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
二、
土地确权后能建房吗流程是怎么样
确权后的土地能建房的，找法网提醒您，建房流程如下：
1.建房户提出申请后填写建房申请表；
2.村民委员会签署意见加盖公章，镇政府进行初审；
3.张榜公布初审意见，报县级机关联合审批；
4.县国土资源局收取建房保证费用，核发建设工程许可证；
5.镇政府现场查验，实行建设全程管理；
6.建房户申请竣工验收，核发建房竣工验收合格证。
三、
农村土地确权后使用年限是多少年
农村土地确权后使用年限是如下：
1.农村耕地的使用权年限为三十年，届满后再延长三十年；
2.草地和林地的使用权年限分别为三十年至五十年和三十年至七十年，届满后依法相应延长。
根据《农村土地承包法》第二十一条耕地的承包期为三十年。草地的承包期为三十年至五十年。林地的承包期为三十年至七十年。
前款规定的耕地承包期届满后再延长三十年，草地、林地承包期届满后依照前款规定相应延长。
第二十四条第一款国家对耕地、林地和草地等实行统一登记，登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。