违反企业制度扣工资是不合法的，除非劳动者违反规定给用人单位造成了经济损失，如果确实可以扣工资的，每月扣除的工资不得超过劳动者当月工资的百分之二十，如果用人单位违规扣除工资的，劳动者可以申请劳动仲裁。
一、
违反企业制度扣工资合不合法
违反企业制度扣工资不合法。劳动者违反公司规定给用人单位造成经济损失的，可从劳动者本人的工资中扣除来弥补经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。找法网提醒，如果造成了用人单位重大损失的，用人单位还有权请求其赔偿。
二、
克扣工资如何维权
克扣工资维权有以下两种方式：
1.向劳动行政部门投诉
拨打全国人力资源社会保障服务热线12333向有关部门进行投诉，或者直接到当地劳动保障部门进行投诉。
2.劳动仲裁
劳动仲裁是指由劳动争议仲裁委员会对当事人申请仲裁的劳动争议居中公断与裁决。仲裁流程：劳动者向劳动争议仲裁委员会提交劳动仲裁申请书；劳动争议仲裁委员会认为符合受理条件的，应当受理；当事人在仲裁过程中，将进行明确仲裁请求、被申请人答辩、仲裁庭调查事实、当事人双方举证质证、辩论、陈述等环节；作出裁决前，应当先行调解；仲裁庭及时作出裁决。
三、
扣工资申请劳动仲裁需要注意什么
扣工资申请劳动仲裁需要注意如下事项：
1.提起劳动仲裁的一方应在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。
2.劳动仲裁具有以下条件不予受理：
（1）申请人不具有主体资格；
（2）申请人与申请仲裁的争议无直接利害关系；
（3）争议内容不属于劳动人事争议仲裁委员会的受案范围；
（4）争议不属于本仲裁委员会的管辖；
（5）仲裁申请已超过法律规定的申请仲裁的时效；
（6）申请书及有关材料不符合要求。
3.劳动争议仲裁，当事人对裁决不服的，除劳动争议调解仲裁法规定的几类特殊劳动争议外，可以向人民法院起诉。